Kehadiran JKLPK Indonesia tidak terlepas dari sejarah pergumulan Departemen Partisipasi Gereja dalam Pembangunan Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia (DEPARPEM – PGI) dalam upaya-upaya pembangunan masyarakat. Tantangan pelayanan yang dihadapi DEPARPEM – PGI hingga era 80-an telah menegaskan  bahwa upaya pembangunan masyarakat tidak bisa berjalan sendiri-sendiri, tetapi  haruslah merupakan upaya dan kerja bersama yang sinergis serta berkesinambungan agar lebih efektif dan tepat sasaran.  Atas dasar inilah muncul kesadaran bahwa sangatlah penting dan strategis adanya forum bersama yang bisa mensinergiskan gerakan atau kerja-kerja LPK-LPK di Indonesia. Bertolak dari semangat inilah maka tujuan dan fungsi pembentukan JKLPK Indonesia dirumuskan sebagai berikut:

I. Tujuan

Tujuan pembentukan JKLPK Indonesia adalah sebagai forum untuk mengembangkan visi pelayanan dan kerjasama yang sinergis serta berkesinambungan dalam sebuah arak-arakan solidaritas aksi bersama untuk pemberdayaan dan penguatan masyarakat, demi mewujudnyatakan kesejahteraan sosial, keadilan, perdamaian, dan keutuhan ciptaan, yang menjadi tugas panggilan orang-orang percaya sebagai kawan sekerja Allah, khususnya kepada mereka yang miskin, lemah, tertindas, dan menderita

II. Fungsi

Untuk mencapai tujuannya, JKLPK Indonesia menjalankan fungsi-fungsi sebagai berikut:

1. Sebagai pusat komunikasi, informasi, dan fasilitasi bagi kepentingan dan kebutuhan partisipan JKLPK.
2. Menumbuhkan motivasi dan mengembangkan kemampuan partisipan dalam mencapai tujuan pelayanan.
3. Menyalurkan aspirasi partisipan JKLPK kepada semua pihak, baik di dalam maupun di luar negeri.
4. Membangun hubungan kerja sama dengan lembaga-lembaga di dalam dan luar negeri, khususnya dengan lembaga-lembaga yang mempunyai kesamaan visi dan misi dalam melayani masyarakat.

Keempat fungsi itu dijabarkan dalam bentuk operasional (program kerja tiga tahunan) bagi kepentingan implementasi program kerja yang tercakup dalam empat bidang kerja strategis yaitu:

1. Bidang pengembangan partisipan

Fungsi ini direalisasikan melalui program-program yang beraras pada penguatan dan pemberdayaan partisipan baik secara internal kelembagaan/ manajemen, maupun peningkatan keterampilan pekerja LPK bagi kepentingan pelayanan di bidang masing-masing.

2. Bidang Manajemen Informasi

Sebagai sebuah jaringan kerja, aspek informasi dan komunikasi menjadi sangat penting dan memegang peranan sentral. Dengan segala keterbatasannya JKLPK tetap dituntut untuk mampu memfasilitasi semua partisipannya baik yang ada di perkotaan maupun pelosok Indonesia yang seringkali memiliki keterbatasan akses informasi. Dibidang ini program-program dilaksanakan melalui penerbitan Warta Jaringan secara berkala, pelatihan jurnalistik, deseminasi informasi aktual via email, penerbitan buku dan info khusus, serta kegiatan dokumentasi.

3. Bidang Pengembangan Jaringan dan Bantuan Advokasi

Disadari bahwa fungsi JKLPK tidaklah berhenti pada aspek penguatan internal. Sebagai payung LPK ditingkat nasional, jaringan ini dipandang perlu memiliki nilai strategis untuk menyuarakan aspirasi dan sikap politis LPK. Oleh karena itu pemberdayaan dan keikutsertaan jaringan dalam segala bentuk solidaritas dan aksi advokasi untuk kepentingan penegakan HAM dan demokratisasi mendapatkan titik berat dalam fungsi strategis JKLPK. Selain itu peningkatan akses bagi pengembangan jaringan baik di dalam maupun luar negeri juga merupakan salah satu tugas yang diemban JKLPK.

4. Bidang Penguatan Regional

Sebagai jaringan yang tediri dari 12 region di Indonesia, perlu adanya upaya agar sistem dan infrastruktur regional yang menunjang dinamisasi dan kerja-kerja jaringan regional semakin menguat. Salah satunya adalah dengan program-program peningkatan kapasitas manajemen jaringan di regional agar berjalan lebih efektif dan berdaya guna. Selain itu, ada juga proses mediasi regionalisasi untuk wilayah yang sulit secara geografis.